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AMBER ADVANCED TUTORIALS
TUTORIAL 3

MM-PBSA

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このチュートリアルでは MM-PBSA (molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area)法を二つのタンパク質の結合エネルギーを計算するために用いる。

MM-PBSA法とその相補的 MM-GBSA法の総合的目的は、溶媒和された2分子が結合と解離状態にある時、または一つの分子が異なる状態にある時の自由エネルギー差を計算することである。

理想的には、下図に示すように、結合の自由エネルギーを直接計算したい。:

しかし、溶媒和の状態でのシミュレーションは、エネルギーの寄与の大部分は溶媒-溶媒相互作用から生じ、総エネルギーの変動は結合エネルギーよりもワンオーダー大きい。したがって、計算が収束するには時間がかかるので、以下の熱力学サイクルに応じて計算を分割し効率的に実行する。:

このダイアグラムから明らかなように自由エネルギーdelta-Gbind,solv下式により計算できる。:

MM-PBSAアプローチでは、上記の結合自由エネルギーへのそれぞれの寄与は、いくつかの方法で計算される。:

溶媒和自由エネルギーは、次の3つの状態の直線化ポアソン・ボルツマン方程式またはGeneralized Born方程式を解き(これは溶媒和自由エネルギーに対する静電寄与を与える) ヘッドライト 01-06 Yukon 6.0L LED Halo Headlight Matte Black Signal LED Taillight Driving Fog 01-06ユーコン6.0L LEDハローヘッドライトマットブラックシグナルLED曇り霧を運転する、疎水性寄与に関する経験的な項を追加することにより計算される。:

delta-Gvacuum は ヘッドライト 00-06 Chevy Tahoe LT Headlights signal light taillights foglamps red high stop 00-06 Chevy Tahoe LTヘッドライト信号ライトテールライトフォグランプ赤色ハイストップ、受容体とリガンドとの平均相互作用エネルギーを計算し、必要か望ましい場合、結合エントロピー変化も考慮することによって得られる。:

エントロピーの寄与は、三分子の通常モード分析を行うことにより求めることができるが、

、二つの配位子が同一のタンパク質に結合するような同様のエントロピーの状態の比較のみ必要な場合、実際にはエントロピーの寄与を無視することができる。この理由は、通常モード分析計算はコンピューター的にはハイコストであり、結果に大きい不確実性を導入する大きなマージンの誤差を持つためである。

受容体とリガンドの相互作用の平均エネルギーは、通常、平衡化した分子動力学(MD)シミュレーションで収集される無相関スナップショットの集合に演算を行うことによって得られる。

このチュートリアルでは USヒッチメンバー 113751カートクラス1トレーラーヒッチレシーバー1-1 / 4 "1-7 / 8"ボールマウント 113751 Curt Class 1 Trailer Hitch Receiver 1-1/4" Ball Mount with 1-7/8"、自動的に カードでポイント最大34倍 3/21(木)20:00~3/26(火)1:59迄 TOYOTIRES トーヨー プロクセス C1S PROXES サマータイヤ 215/55R17 KYOHO SEIN-SS ザインSS ブラック 在庫 ホイールセット 4本 17インチ 17 X 7 +38 5穴 114.3、タンパク質-タンパク質複合体(RASとRAF)とタンパク質-リガンド複合体(エストロゲン受容体およびラロキシフェン)の結合自由エネルギーをMM-GBSAとMM-PBSAシリアルとパラレルのメソッドの両方を使用して推定する必要なすべての手順を実行する。これらのメソッドはAmberとAmberToolsに含まれているMM/P(GB)SAスクリプトの使用により実行できる。さらに、スクリプトを使用して、アラニンスキャニングおよびノー​​マルモードのエントロピーの計算を実行する。原理的には、上述の結合自由エネルギーの計算は、複合体と個々のタンパク質の独立したMDシミュレーションが必要である。しかし [CUSCO] クスコ LSD タイプRS スペックF 1.5way(1.5&2way) リヤ クラウンマジェスタ UZS207 2009年03月~2013年09月 3UZ-FE 4.3 4WD 6AT 標準デフ:オープン、典型的には、結合時に有意なコンフォメーション変化が無いので 、3つすべての種についてのスナップショットは、単一のtrajectoryから得ることができるという近似を行う。これは、「単一のtrajectoryアプローチ」であり、このチュートリアルで使用する。


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